Editing Tips for running xtb calculations

== QUEUES FOR XTB CALCULATIONS ==

The available queues for XTB 6.2.3 are:
 c36m192 
 c28m128
 c24m128
 c20m48
 c12m24
 cq4m4

== EXAMPLE SUBMIT SCRIPT == 

 #######################################
 ############## SGE VARS ###############
 #######################################
 #!/bin/bash
 #$ -N jobname
 #$ -cwd
 #$ -pe c24m128_smp 24
 #$ -m ae
 #$ -masterq c24m128.q
 #$ -o $JOB_NAME.o$JOB_ID
 #$ -e $JOB_NAME.e$JOB_ID
 #$ -S /bin/bash
 #$ -l credits=5
 
 #######################################
 ############### APP VARS ##############
 #######################################
 . /etc/profile.d/modules.sh
 module load xtb/6.2.3
 
 #######################################
 ############### USER VARS #############
 #######################################
 export MKL_NUM_THREADS=24
 export OMP_THREAD_LIMIT=24
 export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
 export OMP_STACKSIZE=3626m
 
 #######################################
 ############ PREEXECUTION #############
 #######################################
 
 ulimit -s unlimited
 
 #######################################
 ########### USER VARS & EXEC ##########
 
 echo "\$symmetry" > command.inp
 echo "maxat=0" >> command.inp
 echo "\$end" >> command.inp
 time xtb jobname.xyz --gbsa ch2cl2 --ohess tight --input command.inp  > xtb.out
 wait # wait for all processes to finish before exit
 
 
 ########################################
 ######### END XTB SUBMIT SCRIPT ########
 ########################################

== RUNNING CREST CALCULATIONS ==

To run crest it is easier to download the crest executable and store it 
in your home at kimikhome. Here is an example of the submit script. 

 #######################################
 ############## SGE VARS ###############
 #######################################
 #!/bin/bash
 #$ -N geometry
 #$ -cwd
 #$ -pe cq4m4_smp 4
 #$ -m ae
 #$ -masterq cq4m4.q
 #$ -o $JOB_NAME.o$JOB_ID
 #$ -e $JOB_NAME.e$JOB_ID
 #$ -S /bin/bash
 #$ -l credits=0
 
 #######################################
 ############### APP VARS ##############
 #######################################
 . /etc/profile.d/modules.sh
 module load xtb/6.2.3
 
 #######################################
 ############### USER VARS #############
 #######################################
 export MKL_NUM_THREADS=4
 export OMP_THREAD_LIMIT=4
 export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
 export OMP_STACKSIZE=500m
 export XTBPATH=/mnt/data/applications/xtb/6.2.3/bin/xtb
 export CRESTPATH=/path/to/the/crest/executable/folder/crest
 
 #######################################
 ############ PREEXECUTION #############
 #######################################
 
 ulimit -s unlimited
 
 #######################################
 ########### USER VARS & EXEC ##########
 
 time $CRESTPATH geometry.xyz -xnam $XTBPATH -ewin 10.0 -quick > crest.out
 
 ########################################
 ######### END XTB SUBMIT SCRIPT ########
 ########################################