Tips for running xtb calculations

QUEUES FOR XTB CALCULATIONS

The available queues for XTB 6.2.3 are:

c36m128 
c28m128
c24m128
c20m48
c12m24
cq4m4

EXAMPLE SUBMIT SCRIPT

#######################################
############## SGE VARS ###############
#######################################
#!/bin/bash
#$ -N jobname
#$ -cwd
#$ -pe c24m128_smp 24
#$ -m ae
#$ -masterq c24m128.q
#$ -o $JOB_NAME.o$JOB_ID
#$ -e $JOB_NAME.e$JOB_ID
#$ -S /bin/bash
#$ -l credits=5

#######################################
############### APP VARS ##############
#######################################
. /etc/profile.d/modules.sh
module load xtb/6.2.3

#######################################
############### USER VARS #############
#######################################
export MKL_NUM_THREADS=24
export OMP_THREAD_LIMIT=24
export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
export OMP_STACKSIZE=3626m

#######################################
############ PREEXECUTION #############
#######################################

ulimit -s unlimited

#######################################
########### USER VARS & EXEC ##########

echo "\$symmetry" >> command.inp
echo "maxat=0" >> command.inp
echo "\$end" >> command.inp
time xtb jobname.xyz --gbsa ch2cl2 --ohess tight --input command.inp  > xtb.out
wait # wait for all processes to finish before exit


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######### END XTB SUBMIT SCRIPT ########
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RUNNING CREST CALCULATIONS

To run crest it is easier to download the crest executable and store it in your home at kimikhome. Here is an example of the submit script.

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############## SGE VARS ###############
#######################################
#!/bin/bash
#$ -N geometry
#$ -cwd
#$ -pe cq4m4_smp 4
#$ -m ae
#$ -masterq cq4m4.q
#$ -o $JOB_NAME.o$JOB_ID
#$ -e $JOB_NAME.e$JOB_ID
#$ -S /bin/bash
#$ -l credits=0

#######################################
############### APP VARS ##############
#######################################
. /etc/profile.d/modules.sh
module load xtb/6.2.3

#######################################
############### USER VARS #############
#######################################
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_THREAD_LIMIT=4
export OMP_NUM_THREADS=${OMP_THREAD_LIMIT},1
export OMP_STACKSIZE=500m
export XTBPATH=/mnt/data/applications/xtb/6.2.3/bin/xtb
export CRESTPATH=/path/to/the/crest/executable/folder/crest

#######################################
############ PREEXECUTION #############
#######################################

ulimit -s unlimited

#######################################
########### USER VARS & EXEC ##########

time $CRESTPATH geometry.xyz -xnam $XTBPATH -ewin 10.0 -quick > crest.out

########################################
######### END XTB SUBMIT SCRIPT ########
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